Le port de Bonifacio est ceinturé par la citadelle de la ville d'un côté, et par les falaises de calcaire de l'autre. Le port accueille les bâteaux de plaisance mais aussi quelques ferries. Sur le front du port, plusieurs bâteau de promenades proposent aux touristes des balades en mer (1/2 heure généralement) pour une vue imprenable sur les falaises de la ville et la visite des grottes naturelles creusées dans la roche.
Tout le long des quais, de nombreux restaurants dont beaucoup de pizzérias sont installés. L'affluence y est très importante pendant la saison estivalle.